Dopo l'attentato al Cremlino, il governo degli Stati Uniti incarica l'agente Ethan Hunt di incastrare i cattivi. Hunt e il suo team dovranno però operare secondo il Protocollo Ghost, ossia senza alcuna copertura.

Quando l'IMF viene accusato di aver organizzato un complotto terroristico globale, il governo degli Stati Uniti attiva il “Protocollo Fantasma“ e Ethan Hunt e la sua squadra dovranno agire di nascosto per difendere il nome dell'organizzazione.