Die Mittlere Brücke ist der älteste noch existierende Rheinübergang zwischen Bodensee und Nordsee.

Im Jahr 1225 wurde unter Fürstbischof Heinrich von Thun eine teils hölzerne und teils steinerne Brücke über den Rhein erstellt. Sie verband die erst im Aufbau begriffene Stadt Kleinbasel mit der Stadt Grossbasel. Sie war seit dem Niedergang der römischen Colonia Augusta Raurica für lange Zeit die erste und einzige feste Rheinüberbrückung zwischen Bodensee und der Rheinmündung ins Meer und brachte der Stadt ab dem 14. Jahrhundert ihren wirtschaftlichen Erfolg.

Der Bischof hatte nicht nur die Idee zum Bau der Brücke, sondern finanzierte ihn auch durch den Verkauf eines Teiles des Kirchenschatzes und durch Gaben der Klöster Bürglen und St. Blasien sowie verschiedener Basler Bürger.

Auf der rechten, der Kleinbasler-Seite, konnte die 12.6 Meter breite Brücke auf fünf Steinjochen bzw. Pfeiler gebaut werden, aber auf Grund der starken Strömung des Rheines und der grossen Tiefe auf der linken Rheinseite musste die zweite Hälfte als Holzbrücke auf sieben eichernen Holzjochen ausgeführt werden.

Die Brücke wurde immer wieder von Hochwasser weggerissen oder die Pfeiler wurden im Winter durch Eisschübe beschädigt. Dies führte dauernd zu kostspieligen Reparaturen, deren Kosten durch den Brückenzoll aufgebracht werden mussten.

1392 wurde auf dem fünften, äussersten Steinjoch das Käppeli, eine kleine Kapelle einerseits zur Erinnerung an die Verschmelzung Gross- und Kleinbasels errichtet und andererseits um mit der zusätzlichen Belastung die Brückenpfeiler zu beschweren und den Hochwassern besser standzuhalten. Die Kapelle blieb auch dort, als der Rat im Jahr 1457 beschloss, die Steinjoche um ein weiteres zu vermehren.

Die Brücke diente neben dem Personen- und Warenverkehr auch als Richtstätte. Beim Käppelijoch wurde das Todesurteil durch "Schwemmen" vollstreckt, wobei Kindsmörderinnen, Ehebrecherinnen und Kupplerinnen mit zusammengebundenen Händen und Füssen und mit Gewichten versehen in den Fluss geworfen wurden. Falls sie bei St. Johann noch lebend aus dem Rhein gefischt wurden, wurde ihnen die Strafe erlassen.

1858 reduzierte man die sieben hölzernen Joche um eines, verschob die Käppelijoch-Kapelle auf das mittlere Joch und beschwerte die Pfeiler mit 22 Steinbänken. Diese Steinbänke gelangten nach dem Abbruch der ersten Brücke in die Langen Erlen und man kann sie dort heute noch finden.

Ende des 19. Jahrhunderts wurden die Pfeiler immer mehr unterspült und die Strassenbahn wollte auch einen Weg über den Rhein finden. Daher entschloss sich 1899 der Grosse Rat, die alte Brücke durch eine neue, 18.8m breite Brücke zu ersetzen.

Am 27. Mai 1903 diente die altehrwürdige Rheinbrücke letztmals dem Verkehr und wurde anderntags abgebrochen.